Vấn đề năng lượng hạt nhân dân dụng, khi được đem vào Thoả ước Hợp tác châu Á-Thái Bình Dương vì Khí hậu và Phát triển sạch (Asia-Pacific Partnership for Clean Development and Climate) vào tháng 7 năm 2005, đã trở nên một vấn đề chính trị nhạy cảm khi Ấn Độ, tiến hành thử nghiệm bom nguyên tử lần đầu năm 1974, từ chối ký Hiệp ước Cấm Phổ biến Vũ khí Hạt nhân. Trước đó, ngày 18 tháng 7 năm 2005, Tổng thống Hoa Kỳ George W. Bush, sau khi gặp Thủ tướng Ấn Độ Manmohan Singh, tuyên bố sẽ vận động sửa đổi luật lệ Hoa Kỳ và quốc tế nhằm cho phép Hoa Kỳ bán kỹ thuật hạt nhân dân dụng cho Ấn Độ. Nhiều người e ngại rằng trong khi đó Hoa Kỳ vẫn từ chối bán kỹ thuật hạt nhân dân dụng cho Iran (có tham gia hiệp ước), sẽ có thể gây nguy hại nghiêm trọng cho hiệp ước.

Hội nghị Thẩm định Hiệp ước được triệu tập 5 năm một lần. Vào Hội nghị lần thứ bảy tổ chức vào tháng 5 năm 2005, xuất hiện những dị biệt gay gắt giữa một bên là Hoa Kỳ, muốn hội nghị tập chú vào việc phổ biến vũ khí hạt nhân đặc biệt là những cáo buộc chống Iran, và phía bên kia gồm hầu hết các quốc gia còn lại, muốn nhấn mạnh vào thái độ thiếu thiện chí của các cường quốc hạt nhân trong tiến trình giải giới kho vũ khí hạt nhân của họ. Các quốc gia phi liên kết tái khẳng định lập trường của họ cho rằng thoả thuận chia sẻ hạt nhân của NATO là vi phạm hiệp ước.